1949年1月，辽沈、平津、淮海三大战役胜利结束，国民党军主力已被消灭的形势下，1949年3月5日，毛泽东在中共七届二中全会上提出了和平解放绥远的方针。在党和毛泽东同志提出的“绥远方式”及一系列相关政策的感召下，经过中共细致的宣传与思想工作及在爱国将领傅作义将军的帮助和影响下，国民党绥远省主席董其武将军冲破国民党的重重阻挠，于1949年9月19日，率绥远军政各界领导人及4万多名官兵通电起义，用不流血的和平方式解放了绥远，随后起义部队改编，列入人民解放军建制。绥远“九•一九”和平起义，顺应历史潮流，合乎人民意愿，对于日后国民党部队的相继起义，进一步争取和团结更多的爱国人士，同时加快了全国解放战争的胜利进程，早日实现全国的解放事业产生了积极的影响，发挥了重要的作用。
作为绥远和平解放标志的“九•一九”和平起义，在全国的解放史中占有重要地位的同时维护祖国的和平统一方面仍然具有重要的现实意义。为此将军衙署博物院正抓紧进行“九•一九”起义纪念馆的筹备工作，被毛主席称作“绥远方式”的“九•一九”和平起义，其联络、协调和决策就发轫于将军衙署（当时的绥远省政府办公处）。将军衙署东跨院现尚存的主要建筑绥远省政府小礼堂，正是傅作义将军来绥远促进起义时举行重要会议的地方，“九•一九”和平起义的策划、组织和许多重大事件与该址有直接关系，是作为纪念馆的最佳选址。
《中华人民共和国文物保护法》第十七条、十八条、十九条、二十六条规定，在文物保护单位的保护范围和建设控制地带内，不得进行可能影响文物保护单位安全及其环境的建设工程，不得破坏文物保护单位的历史风貌，不得建设污染文物保护单位及其环境的设施。使用不可移动文物，必须遵守不改变文物原状的原则，不得损毁、改建、添建或拆除不可移动文物。1993年和2005年，自治区人民政府先后两次明确了将军衙署的保护范围与建设控制地带，东西跨院被列为重点保护范围。
但目前将军衙署东跨院被内蒙古考古所占用，更令人担忧的是东跨院现尚存的主要建筑味莼轩和抗战时期地下防空掩体、绥远省政府小礼堂被出租，办计算机培训学校，这些不可移动文物内部被改建、添建受到了严重的破坏，并有愈演愈烈之势。为了确保绥远“九•一九”和平起义纪念馆顺利开展及更好的保护不可移动文物，建议把东跨院还回将军衙署来保护管理。
2007年自治区政协九届五次会议与2008年自治区政协十届一次会议，该提案已两次作为民革、民盟、民进、民建、农工、365bet官网888集体提案提出，但没有取得明显进展，对于该纪念馆的如期开放形成阻碍。建议政府有关部门对此项工作引起重视，尽快妥善解决为盼。